Le Conseil des États a tranché. Lors de la session d’automne des Chambres fédérales, le mercredi 30 septembre 2026 à Berne, la chambre haute a décidé que la partie « stabilisation » du paquet d’accords Suisse-UE serait soumise au référendum obligatoire sui generis, exigeant une double majorité du peuple et des cantons — une décision aux implications constitutionnelles et politiques considérables.
Trois options avaient été déposées sur le pupitre des sénateurs : le référendum facultatif à la majorité simple du peuple, le référendum obligatoire sui generis à la double majorité, et l’ancrage du paquet dans la Constitution fédérale — cette dernière proposition, issue de la commission des institutions politiques du Conseil des États, impliquant également un vote à double majorité. C’est la voie du référendum obligatoire sui generis qui a emporté la décision, au grand dam du Conseil fédéral, d’une partie du PLR, du Centre et de la gauche. Ce mécanisme permet, dans des cas exceptionnels, de soumettre un traité international au vote du peuple et des cantons même lorsque ce traité ne remplit pas formellement les conditions constitutionnelles d’un scrutin à double majorité. Le poids des représentants des petits cantons alémaniques a été déterminant, au détriment des élus des cantons fortement peuplés et des cantons romands.
Reprise dynamique du droit et rôle de l’Assemblée fédérale
La question de la reprise dynamique du droit européen — mécanisme garantissant la validité continue des accords d’accès au marché intérieur de l’UE — a cristallisé une seconde ligne de tension. Craignant un renforcement excessif des prérogatives du Bundesrat et de l’administration fédérale, les sénateurs ont décidé d’accorder à l’Assemblée fédérale un rôle accru dans les différentes phases de cette reprise dynamique. Parmi les mesures retenues figure la création d’une antenne des services du Parlement à Bruxelles, chargée de suivre le processus législatif européen dès ses premières étapes — une innovation institutionnelle qui traduit une volonté de préserver la Kantonssouvränität et la souveraineté parlementaire face aux dynamiques d’intégration normative.
Sur les autres points soumis au vote ce mercredi, le Conseil des États a globalement suivi le gouvernement. Les sénateurs ont notamment validé la mesure controversée de protection renforcée des représentants des travailleurs en cas de licenciement, incluse dans le train de mesures de protection des salaires — un élément dont le soutien des partenaires sociaux au paquet global dépendait directement. Ils ont par ailleurs approuvé l’égalité de traitement en matière de taxes d’études pour les ressortissants de l’UE inscrits dans les écoles polytechniques fédérales, tout en refusant d’étendre ce principe aux étudiants de l’AELE.
Sur le plan financier, trois crédits d’engagement relatifs à la cohésion ont été approuvés, pour un total de 3,3 milliards de francs couvrant la période 2030–2036 : deux milliards au titre de la contribution générale à la réduction des disparités économiques et sociales au sein de l’UE, 273,4 millions fléchés vers le domaine de la migration, et un milliard au titre d’un engagement supplémentaire unique. Les sénateurs ont également donné leur feu vert à l’association de la Suisse aux programmes Horizon Europe et Erasmus+, ainsi qu’aux programmes de recherche nucléaire, de développement numérique stratégique et de coopération spatiale.
Les débats ne sont pas clos pour autant. Après plus de vingt heures de délibérations, le Conseil des États doit encore se prononcer jeudi sur le crédit d’engagement de 192,6 millions de francs pour Erasmus+, accepté de justesse en commission, avant d’aborder la partie « développement » du paquet, qui inclut les accords sur la sécurité alimentaire et sur la santé. Le Conseil national devra ensuite se prononcer sur les deux options relatives au mécanisme de vote — référendum obligatoire sui generis ou ancrage constitutionnel — ce qui laisse ouverte la question du cadre juridique définitif dans lequel ce paquet historique sera soumis au peuple suisse.